Magistri farmacije u Hrvatskoj mogu specijalizirati sljedeća područja farmacije:
- ispitivanje i kontrolu lijekova,
- farmaceutsku tehnologiju,
- kliničku farmaciju – bolničko ljekarništvo i
- kliničku farmaciju – javno ljekarništvo
Magistrima farmacije u Hrvatskoj su također dostupni brojni poslijediplomski specijalistički studiji iz raznih područja o kojima se trebaju informirati na fakultetima koji nude takve studije.